Cela conduit à se débarrasser de plus de 35 millions de compteurs qui sont prévus pour durer 60 ans.
Le coût de l'opération est de 5 milliards d'euros (soit 150 € par compteur).

L’UFC—Que Choisir souligne que la généralisation des compteurs Linky va entraîner 10 millions de foyers à souscrire à une puissance d'abonnement plus élevée car ce nouveau compteur, à l'inverse des compteurs actuellement en service, ne supporte aucun dépassement de la puissance souscrite et se coupe instantanément.
Ce surcoût d'abonnement, selon UFC—Que Choisir, pourrait rapporter à EDF 724 millions d'euros, au frais des consommateurs.

Plusieurs communes s'opposent au déploiement de Linky sur leur territoire, certaines concernant des communes représentant douze mille habitants (ex: Tarnos) à trente mille habitants (par exemple: Yerres, Bagnolet, etc…). A la mi-mai 2016, selon La Dépêche, ce sont 149 communes qui refusent ces compteurs. En juillet 2017, selon l'Agence France-Presse, ce sont « environ 400 communes » qui s'opposent au déploiement des compteurs Linky.

Selon le SIPPEREC dans un communiqué datant de 2013, les collectivités locales sont, de droit, propriétaires des ouvrages, des réseaux de distribution, des compteurs et des systèmes de comptage, comme cela est prévu dans les cahiers des charges de concession, signés par EDF puis ERDF, ainsi que par la loi (article L 322-4 du Code de l’Énergie)64,65. Or, le 1er avril 2016, la Direction générale des collectivités locales (DGCL) adresse un courrier aux préfectures et affirme que les collectivités territoriales ne peuvent faire obstacle au déploiement de Linky. Selon elle, si les compteurs sont effectivement la propriété des autorités organisatrices de distribution (AOD) d'électricité, « seul le concessionnaire a le droit de les développer et de les exploiter » et, les communes ayant conclu un contrat de concession avec ERDF, elles ne peuvent pas refuser le déploiement du compteur.
La Fédération nationale des collectivités concédantes et régies (FNCCR) demande entre temps à un cabinet d'avocat une étude juridique, qui affirme que le déploiement des compteurs est une obligation légale et estime qu'il serait « inadéquat pour le maire de se prévaloir de son pouvoir de police générale » pour refuser l’installation des compteurs communicants dans le territoire de sa commune.
En avril 2016, ERDF dépose un recours devant le tribunal administratif de Melun pour contester une délibération de la commune de Varennes-sur-Seine s'opposant au déploiement de Linky.

La Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL) s'inquiète en 2013 du respect de la vie privée des utilisateurs ; elle recommande que les courbes de charge ne soient pas collectées de façon systématique, mais uniquement lorsque cela est justifié par les nécessités de maintien du réseau ou lorsque l'usager en fait expressément la demande pour bénéficier de services particuliers46. Fin novembre 2015, elle précise ses recommandations : conservation de la courbe de charge dans la mémoire du compteur limitée à un an, seulement avec l'accord de l'usager, et remontée de ces données à ERDF ou à des tiers seulement avec le consentement de l'abonné. Le 19 avril 2016, la Ligue des droits de l'Homme (LdH) demande par communiqué un moratoire sur l'installation des compteurs Linky et demande à la Cnil de vérifier le respect de ce Pack de conformité par ERDF.

Des associations s'inquiètent à propos d'ondes électromagnétiques qui seraient émises par le compteur Linky, et de son utilisation des courants porteurs en ligne (CPL).

Quant à la possibilité de consommer moins d'électricité, elle est extrèmement virtuelle, comme le révèle l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe) dans son document Linky : analyse des bénéfices pour l'environnement :
"Une expérience menée en Australie a ainsi montré chez les consommateurs bénéficiant d’un affichage dans leur logement, une baisse effective de consommation de 10% pendant les deux premiers mois. Celle-ci s’est pourtant réduite à 5% les quatre mois suivants, pour un retour à la situation de départ au bout de six mois."
L'étude montre déjà que les maigres économies réalisées dans les premiers mois sont fortement liées à un affichage de la consommation dans le logement... ce qui n'est pas prévu avec Linky ! Et, de toute façon, l' "effet Linky" est définitivement nul au bout de six mois.

L'exemple allemand montre qu'il est possible de consommer moins d'électricité en rendant "intelligent" son usage sans passer par la case linky:

• peu ou pas de chauffage électrique (aberration typiquement française).
• efficacité énergétique améliorée (électroménager A++, ...)
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